Tradycje archiwalne Zamościa, jak wszystko w mieście wielkiego kanclerza i hetmana, sięgają czasów Jana Zamoyskiego. Zamoyski nim został wielkim mężem stanu, politykiem, wodzem – był archiwistą. Jego pierwszą pracą po powrocie z opromienionych doktoratem studiów w Padwie było uporządkowanie archiwum koronnego. Konkretne efekty tamtej pracy pozostają nieznane. Jednak sumienna wiedza, jaką przyszły hetman posiadł o systemie prawnym i funkcjonowaniu Rzeczypospolitej, pożytkowana z wielkim powodzeniem w jego późniejszej karierze świadczy o umiejętności dokładnego studiowania wszelkich dokumentów archiwalnych. 

Na przestrzeni ponad dwustu lat w pałacu ordynackim funkcjonowało archiwum rodzinne Zamoyskich. 

Własne archiwa prowadziły władze miejskie, Akademia Zamojska, Kapituła Kolegiaty. Nie znamy dokładnie ich organizacji. Zbiory wszystkich trzech w dużej części przetrwały jednak do naszych czasów, niestety, poza Zamościem. W Warszawie i Lublinie znalazły się akta Ordynacji Zamojskiej, w Lublinie archiwa władz miejskich okresu staropolskiego. Archiwalia Akademii, jako prywatnej szkoły znalazły się w zasobie archiwalnym ordynacji. W wyniku dziejowych okoliczności, akta do historii Zamojszczyzny, a zwłaszcza samego Zamościa znaleźć można także w archiwach Krakowa, Lwowa, Wrocławia, Przemyśla, Radomia, Moskwy, Petersburga, Kijowa, Mińska czy Wiednia. 
Zinstytucjonalizowane dzieje archiwalne Zamościa są stosunkowo krótkie, ich początki sięgają połowy zeszłego wieku, gdy odgórnymi decyzjami powstała w Polsce sieć kilkudziesięciu archiwów państwowych.

Archiwum Państwowe w Zamościu powstało w sierpniu 1950 r. na podstawie zarządzenia Ministra Oświaty z dnia 21 lipca 1950 roku jako oddział powiatowy Archiwum Państwowego w Lublinie (Dz. Urz. Min. Oświaty nr 19, poz. 253). Na podstawie dekretu Rady Ministrów z 29 marca 1951 r. o archiwach państwowych (Dz. U. Nr 19, poz. 149) oddział przekształcono w Powiatowe Archiwum Państwowe w Zamościu , które do 1975 r. podlegało Wojewódzkiemu Archiwum Państwowemu w Lublinie. Organizatorem i pierwszym kierownikiem powołanego Archiwum był Hipolit Kozioł. W zasobie archiwum znalazły się m.in. akta Archiwum Miejskiego m. Zamościa (ok. 1820-1939). W 1951 r. archiwum objęło działaniem oprócz powiatu zamojskiego także powiat krasnostawski i biłgorajski, a 1952 r. tomaszowski. Zasięg terytorialny w tym kształcie, z wyjątkiem powiatu biłgorajskiego, który przeszedł do zakresu działania utworzonego w 1955 r. Archiwum w Kraśniku utrzymał się do końca 1975 r.

Placówka od początku borykała się z trudnościami lokalowymi. Początkowo przyznano jej pomieszczenia o powierzchni 25 m2 w domu prywatnym przy ul. Grodzkiej 11, dodając stopniowo pomieszczenia na magazyny. W 1967 r. w związku z pracami remontowymi budynku przy tej ulicy Archiwum przeniesiono do pomieszczeń o powierzchni 198 m2 w kamienicy przy ul. Moranda 4. Dotkliwy brak odpowiedniej powierzchni lokalowej stanowił poważną przeszkodę w gromadzeniu i udostępnianiu archiwaliów. Od chwili powstania troszczono się głównie o zabezpieczenie archiwaliów w terenie i ich gromadzenie. Prowadzono też prace związane z naukowym opracowaniem zasobu, udostępnianiem i popularyzacją zbiorów.

W wyniku reformy administracji państwowej Zamość podniesiony został do rangi miasta wojewódzkiego. Do nowego podziału dostosowano sieć archiwalną. Na podstawie zarządzenia nr 4 Ministra Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki z 21 stycznia 1976 na bazie Archiwum Powiatowego powstało Wojewódzkie Archiwum Państwowe podległe Naczelnej Dyrekcji Archiwów Państwowych. Objęło ono działalnością teren województwa zamojskiego. Z chwilą utworzenia WAP zwiększyła się obsada personalna z trzech do ośmiu pracowników. W 1983 r. na mocy ustawy o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach państwowych Wojewódzkie Archiwum Państwowe przekształcono w Archiwum Państwowe w Zamościu.

W związku z wprowadzeniem nowej struktury administracyjnej państwa zarządzeniem nr 14 Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych z dnia 7 lipca 1998 r. Archiwum Państwowe w Zamościu objęło zasięgiem dotychczasowy obszar działania obejmujący miasto Zamość, powiaty biłgorajski, hrubieszowski, tomaszowski i zamojski oraz gminy: Gorzków, Izbica, Rudnik i Żółkiewka z pow. krasnostawskiego i gminy: Wysokie i Zakrzew z pow. lubelskiego.

Z uwagi na brak miejsca i złe warunki przechowywania akt archiwum nie mogło w pełni realizować nałożonych ustawą zadań. W wyniku długoletnich starań decyzją Prezydenta Miasta Zamościa z 14 kwietnia 2000 r. Archiwum otrzymało w trwały zarząd część budynku biurowego przy ul. Hrubieszowskiej 69A. Po dokonaniu prac remontowych i modernizacyjnych od 12 lipca 2001 r., stał się on nową siedzibą Archiwum Państwowego w Zamościu. Archiwum posiada 595 m2 powierzchni magazynowej, z której większość wyposażona jest w nowoczesne regały kompaktowe mogące pomieścić ok. ponad 2,2 tys. mb. akt.

Na koniec lipca 2016 r. zasób Archiwum tworzyło 1319 zespołów archiwalnych, w których skład wchodziło 265 979 jednostek archiwalnych (2375,26 mb.). Najstarszy, pergaminowy dokument w zbiorach Archiwum pochodzi z roku 1457.

DZIAŁALNOŚĆ ARCHIWUM

Opieka i nadzór nad archiwami zakładowymi
Działalność zakresie nadzoru nad narastającym zasobem archiwalnym polega na prowadzeniu pracy na tzw. „przedpolu archiwalnym”. Archiwum zabezpiecza i nadzoruje dokumentacje już u jej wytwórcy. Celem tych działań jest pozyskanie nowej historycznej dokumentacji do zasobu archiwum państwowego.

Polegają one na:

• ustalaniu jednostek organizacyjnych zobowiązanych do prowadzenia archiwów zakładowych;
• opiniowaniu obowiązujących w tych jednostkach przepisów kancelaryjnych, tj. instrukcji kancelaryjnej i archiwalnej oraz jednolitego rzeczowego wykazu akt;
• przeprowadzaniu kontroli archiwów zakładowych i wydawaniu zaleceń pokontrolnych;
• prowadzeniu ekspertyz dokumentacji, której dotychczasowa kwalifikacja budzi wątpliwości;
• wydawaniu zezwoleń na brakowanie, czyli przeznaczenie na makulaturę dokumentacji niearchiwalnej;
• przejmowaniu z jednostek materiałów archiwalnych;
• instruktażu pracowników archiwów zakładowych.

Pod nadzorem Archiwum Państwowego w Zamościu znajduje się 187 jednostek organizacyjnych państwowych i samorządowych.

Opracowanie i zabezpieczanie zasobu
Opracowywanie zgromadzonego zasobu archiwalnego to głównie:

• sporządzanie inwentarzy archiwalnych i przygotowywanie wstępów do zespołów. Archiwum posiada inwentarze książkowe dla 502 zespołów, dla 738 inwentarze kartkowe, ponadto dla 418 zespołów są spisy zdawczo-odbiorcze. Cały zasób jest zewidencjonowany, natomiast stan opracowania zespołów wynosi ok. 70% (przed przejęciem w 2002 r. roku prawie 350 mb nowych akt wskaźnik ten wynosił 83%). 
• wprowadzanie danych do archiwalnych baz komputerowych: SEZAM – baza ewidencyjna; IZA – baza do inwentaryzacji zasobu; ELA, PRADZIAD, AFISZ – bazy tematyczne; SUMA, NADZÓR, RAP – bazy użytkowe. 

Zabezpieczenie zasobu:

• w związku przeprowadzką prowadzona była w latach 2001-2002 dezynfekcja zasobu archiwalnego w komorze fumigacyjnej, ponadto prowadzone są systematyczne prace introligatorskie, polegające na klejeniu, zszywaniu i oprawie akt oraz bieżące odkurzanie akt. Od 2011 Archiwum posiada serwer umożliwiający bezpieczne przechowywanie zdigitalizowanych zasobów.

Udostępnianie i informacja archiwalna

• wykonywanie kwerend krajowych i zagranicznych (w 2010 r. 673 kwerend), przede wszystkim o charakterze socjalnym, ponadto własnościowych, genealogicznych, na potrzeby urzędów i naukowych. 
• wydawanie zaświadczeń na podstawie materiałów archiwalnych.
• udostępnienie akt bezpośrednio użytkownikom w pracowni naukowej, głównie do badań naukowych i genealogicznych (w 2010 r. w trakcie 606 odwiedzin udostępniono 3930 jednostek inwentarzowych).